有人认为，在高校中，“宗教学热”是“宗教热”的一个反映，其实这种看法是值得商榷的。因为19世纪宗教学诞生之初，很大程度上就以批判或者说解构宗教神学为宗旨，宗教学把神学的“上帝是什么”、“神是什么”世俗化为“宗教是什么”，把追寻上帝之意的玄思，拉回到地上，变成了对人间的宗教组织思想、礼仪、制度的研究。用马克思主义的话说，“历史的真正发源地不在天上，也不在思辨的云雾中，而在粗糙的物质生产中”，宗教学是要从人类社会的现实出发，实证性地研究宗教的发展规律。从这个意义上看，宗教学的诞生与发展，本身就是对传统神学研究范式的一种挑战或者说再反思。

“只知其一，将一无所知”是自宗教学诞生之日起就流行的名言，宗教学强调以理性的精神来研究宗教，而且特别强调不能单纯研究某一种宗教，而是要将不同的宗教进行对比研究，“比较宗教学”在很长一段时间内就是“宗教学”的别名。通过不同宗教的比较，人们容易跳出某一种宗教传统视野的束缚，在诸多宗教的对比中发现宗教的客观规律，加深人们对宗教这种重要的人类社会文化现象的认识。

因此说，宗教学研究绝对不能等同于传播宗教；同样，无神论研究也不能等同于无神论宣传。无神论的研究，在我国大体分为3个部分，一是无神论本身的理论建设，二是中国无神论史研究，三是西方无神论史研究。中国无神论史研究主要是系统梳理散见于中国浩瀚的经史子集、稗官野史中的各种无神论思想，概括抽象出诸多中国无神论概念、范畴和命题，并对它们加以分析，从更高、更深、更广的角度来重新审视、发掘中国无神论思想的意义和价值，从正面积极发掘中国传统文化的精华。牙含章、王友三等老一代学者在无神论史研究方面有很多建树，大体上看，已有的研究成果主要属于中国哲学史、思想史的范畴。相应地，西方无神论史研究，主要属于西方哲学史、思想史的范畴，像在西方无神论史研究方面作出重要成绩的吕大吉等老一代学者，大都是西方哲学史研究出身。而无神论自身的理论建设，主要是由马克思主义研究者来担任，特别是对科学无神论的研究，本身就是隶属于历史唯物主义的一个研究领域。

由此可见，宗教学研究与无神论研究的研究对象有很大差异，两者绝不能相互代替。宗教学研究是以世界与中国各大宗教、信仰现象为研究对象，中国有着数以亿计的宗教信徒，在中国，宗教学的研究具有极其重要的现实意义；同样，无神论研究是以历史上不同时代的社会思潮中蕴含的唯物主义、无神论思想，特别是马克思主义科学无神论为研究对象，无神论研究对于传统思想的去粗取精，对于全面把握历史唯物主义、马克思主义思想，具有重要的价值。

对宗教的盲目信仰不是宗教学研究，同样，对宗教的粗俗谩骂也不是无神论研究。宗教学研究、无神论研究都需要科学的理性精神。宗教学与无神论是不同的研究领域，不存在此消彼长的对立关系，两者在高等院校的教学与科研中均不可或缺。