东汉晚期，政治昏庸、社会动荡，黄老道发生分化，五斗米道和太平道两大道教集团相继创立;同时，还有一部分黄老道和方仙道的方士，仍然保持独立活动，他们隐居山林或尘世，继续从事修道、养生、炼丹等方术，并有一些著述传世。这一时期，出现了以外丹为主的金丹派道经。从(后汉书·方士列传)等正史和(列仙传)等传志中，可以看出确实有不少方士在活动，他们反映了后汉时期道教思想的另外一个方面。只是由于他旧势单力薄，得不到统治阶级重视，故其著述留传很少，有些传志作者不明，经过考证才能确定。

　　这方面的代表人物首先是魏伯阳，他留下了道教史上第一部炼丹著作——《周易参同契》。

　　魏伯阳其人，在正史上没有记载。宁代曾 《道枢》卷三十四称：魏伯阳为字，名魏翱，自号云牙子。汉代人，游于长白山而遇真人，告以铅汞之理，龙虎之机。古籍之中最早谈及魏伯阳及其著作《参同契》的是葛洪《神仙传》，其中记载：魏伯阳为高门之子，性好道术，不肯仕宦，闲居养性，地人不知其所从来。据此可知魏伯阳是一位不求名利而潜心修道的隐士。他的著作《周易参同契》，被后代道士奉为“万古丹经王”（见张紫阳《悟真篇》）。以魏伯阳《周易参同契》为主要经黄的金丹道，自东汉以后绵绵相传，发展成为道教的丹鼎派。

　　《列仙传》2卷，收于《道藏》和《说郛》。余嘉锡《四库提要辩证》卷十九指出，原题汉刘向所撰，系托名；此书盛世行于东汉，盖明帝以后顺帝以前之人所作。《道藏》本《列仙传达室》收和三皇五帝时代至汉代神仙70位，简述每位神仙事迹，并有赞语。此书所载事迹皆与长生与神仙等方术有关，反映出两汉时期神仙方士的活跃情况。其中不少故事为后世道教徒和文人墨客、老百性等传诵和引用、铺陈，为道教神仙故事的重要来源之一。

　　《老子变化经》，明《道藏》未能收入，敦煌遗书之中发现该经。卷后题曰：‘老子变化
经’，并题曰：“大业八年（612）八月十四日经生王俦写，用纸四张，玄都玄坛道士复校，装汉人，秘书省写。”现存本经共用纸4张，首部残缺，估计残缺不多。尚存正文95行，每行17宇。两汉时期，为定了适应神化老子的宗教需要，关于老子变化的神话逐渐流传。(老子变化经)就是反映这种神话的经典之一。

　　除此之外，还有汉桓帝时陈相边留所撰(老子铭)、孙吴时葛玄著(老子道德经序诀)及(道藏)本(老君变化无极经)、(太上老君金书内序)等经，均反映了神化老子的内容。

　　《道藏》洞神部众术类收入(黄帝九鼎神丹经诀)20卷，据陈国符(道藏源流考)中(中国外丹黄白法经诀出世朝代考)指出，其第一卷即(黄帝九鼎神丹经)，卷二以下乃唐人所撰集。(黄帝九鼎神丹经)于西汉末东汉初出世;其后东汉末道士左慈、张陵皆得之。又陈国符根据(道藏)本(太清金液神丹经)的歌诀用韵情况，指出卷上及卷中第一至第四页为古经，在西汉末东汉初出世。自“郑君曰…”以后，乃后人搀入之本。

　　(三十六水法)，无名氏著，陈国符认为此书是汉代古籍，叙述烧炼外丹的36种“水法”。这些与魏伯阳基本同时的金丹派经典，证明当时从事外丹修炼的方士不在少数。

　　另外，1973年长沙马王堆三号汉基出土的(黄帝四经)，包括(经法)、(十大经)、(称)、(道原)等4部帛书，填补了西汉黄老之学中“黄学”的空白。

　　东汉河上公注本(老子)，亦当为黄老道尊崇的著作之一。(四库全书)本(老子注)2卷，题河上公撰。《道藏》本(道德其经注)4卷，题河上公章句。其余版本尚多。其书注文中神仙家的思想明显增多，反映出东汉后期道家与神仙家结合的倾向加剧。